随着晓组织的壮大，他们很快的出现在了半藏的视野里，一个统治者很难会允许在自己的领地内存在着另一股势力，半藏同样也不例外，于是他联合了木叶的团藏，假装对晓组织释放了善意。

晓组织的人并没有察觉到这里的陷阱，只觉得是他们的努力得到了结果，因此在半藏约见他们晓组织首领的时候，弥彦和长门毫不犹豫的选择了前去赴约。

只是他们不知道的是，他们前脚才离开晓组织的基地，后脚半藏就带人端了他们的老巢，将晓组织其余的忍者屠杀殆尽之后，他们活捉了小南。

于是，在长门和弥彦见到半藏的时候，场面与他们所想的截然相反，无数的忍者涌出将他们包围了起来，小南也被当做了俘虏用来威胁他们。

在这样的威胁下，弥彦主动撞上了长门手里的苦无赴死，后者被迫亲手杀死了自己的好友之后，他的情绪彻底的失控，爆发出了无穷的力量，利用轮回眼将外道魔像通灵了过来，把包围着他们的雨忍屠杀殆尽。

失去了挚友，长门也仿佛失去了前进的方向一般，于是他在这个时候想到了带土之前的话，他又重新找上了带土。

一番交谈之后，长门确定了接下来自己要走的路，他将弥彦的尸体做成了傀儡，成为了轮回眼能力之下的天道，取名为佩恩，将其视为晓组织唯一的首领。

自此，晓组织重新建立，长门操控的佩恩为首领，成员则是小南，带土和小九。

因为长门轮回眼力量的爆发，被誉为忍界半神的半藏因此丧命，长门屠杀了当时在场除了小南之外所有的忍者，将半藏的死亡隐藏了下来。

紧接着他铲除了所有效忠半藏的忍者，最后以绝对的实力统领了雨忍村。

随后他打着半藏的名号，让整个忍村停止了大部分的外交，将雨忍村整个封闭了起来，开始慢慢的，将雨忍村打造成了一个与世隔绝的状态。

做完这一切，第三次忍界大战也彻底停止了下来，忍界再次陷入了短暂的和平，各大忍村开始了休养生息。

而被他们作为战场的小国家内，无数的如同长门一样的战争孤儿上演起了他们自己的故事。

至于小九，他的住所从山岳墓场的地下变成了雨忍村，在长门忙着清理效忠半藏忍者的时候，他充当着打手替对方清理着障碍。

就这么忙了一段时间之后，雨忍村终于变成了上下一致的声音，长门为了安置外道魔像在雨忍村的中央修建了一座高塔，小九的住所就在高塔的旁边。

简单的安置了下来之后，他们开始按照佩恩的嘱咐，招收忍者扩大晓组织，为之后的计划做着准备。